2100年、人類は突如宇宙から現れた未知の巨大生命体セイレーネスの襲撃を受ける。衛星軌道上の超巨大加速器ディヤウスは破壊され、約10億人の人々が犠牲となった。
それから6年、セイレーネスによってディヤウスの研究主任だった母マヤを喪った少年ユウは12歳になり、木星の前線基地ヴィマーナに向かう宇宙船に乗っていた。次にセイレーネスの襲撃を受けたら間違いなく人類は滅亡に追いやられる。ヴィマーナはそのために急遽建造された前線基地であり、そこには対セイレーネス艦隊・ナーフディスが配備されていた。
なぜセイレーネスは人類を襲撃するのか? 宇宙のどこからやってくるのか? どのような生命構造を持ち、超越的な攻撃力はどこから生まれるものなのか? 人類は何もわからぬまま、その襲撃に備えなければならない。人々は悲観し、絶望した。
唯一の希望は、ディヤウスで研究されていた未知のエネルギー結晶体を搭載した、対セイレーネス艦隊・ナーフディスの存在。戦艦は7艦まで完成し、トップネス(専属搭乗者)が選ばれていった。そんな中、初対面ながら何故かユウの名前を呼ぶ謎の少女リンネが現れる。彼女はユウの何を知り、セイレーネスの何を知り、宇宙の何を知る存在なのか?
そして突然、6年間の沈黙を破りセイレーネスが襲来する。その美しくも醜悪な姿に人々は戦慄する……。
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ユウ・ヤマト
ナーフディス マーク6のトップネス(専属搭乗者)。12歳。日本出身。
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リンネ・アイギス
ユウがヴィマーナで出会った謎の少女。年齢・出身地不明。
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ニーナ・ネルソン
ナーフディス マーク1のトップネス。リーダー。13歳。イギリス出身。
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レイン・ミズーリ
ナーフディス マーク2のトップネス。アタッカー。18歳。アメリカ出身。
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ヒューゴー・リシュリュー
ナーフディス マーク3のトップネス。アタッカー。17歳。フランス出身。
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マリナ・フレーザー
ナーフディス マーク4のトップネス。クラウドコントロール。15歳。カナダ出身。
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アイシャ・メジディエ
ナーフディス マーク5のトップネス。ヒーラー。16歳。トルコ出身。
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アビー・ヤン
ナーフディス 作戦部人的資源管理官。28歳。香港出身。
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カルロス・ジョーンズ
対セイレーネス艦隊 ナーフディス 総司令。